2008年10月，由于湖北省原有的职业球队武汉光谷因爲抗议中国足协处罚不公而在中超退赛，被取消注册资格，不能参加次年的职业联赛，武汉队的退赛使湖北再没有参加职业联赛的球队，同时武汉光谷的大部分主力也因此转会或租借到其他球队。而湖北省足协爲了延续湖北足球的火种，决定以原有的武汉U-19梯队爲基础，成立的新足球俱乐部。2009年2月，湖北绿茵在中国足协注册成功从乙级联赛开始肩负著湖北足球重返职业联赛的使命。
　　湖北绿茵从乙级联赛一开始就展示出了非同一般的实力，10场比赛绿茵取得7胜3平是分区赛中唯一一支保持不败的球队，获得分赛区小组第一直进入半决赛。半决赛，湖北绿茵在两回合的比赛合计以1-0的比分将杭州三超淘汰出局，获得2010年中甲联赛的参赛资格，从而也完成湖北足球重返职业联赛的使命。总决赛冠军争夺战中，湖北绿茵在点球大战告负，不敌湖南湘涛获得亚军。
　　2010年湖北绿茵在中甲联赛取得了第五名。
　　2011年1月10日，武汉中博置业集团联合湖北东方国际旅行社与鲁巷广场共同出资2300万元收购湖北绿茵，俱乐部正式更名爲湖北武汉中博职业足球俱乐部。
　　2011年12月俱乐部再次易主，原本亨达睿投资管理有限公司接手球队，但由于武汉亨达睿未能如约履行先期支付600万股权转让款的义务，因此湖北中博正式解除与武汉亨达睿签署的《股权转让协议》和《补充协议》并保留追究权利，事件最终以“闹剧”收场。但一日后，武汉中博置业集团与武汉卓尔签订转让协议，俱乐部更名爲武汉卓尔职业足球俱乐部。
　　2012年赛季结束，以亚军身份升级到中超。
　　2013年10月5日，中超联赛第27轮，武汉卓尔客场0-0战平青岛中能，从而提前三轮从中超惨遭降级。